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  • 應用場景

    探索Ecoli大腸桿菌和金黃色葡萄球菌的表型可塑性

    研究目的

    一個物種如何在群落中對這樣的生物環境做出反應,最終導致其進化,一直是生態進化生物學家們感興趣的話題。我們研究了兩種細菌共培養過程中的相互作用。我們通過全基因組測序確定了大量的單核苷酸多態性(SNPs),作為預測表型性狀變異的遺傳標記。應用全基因組關聯研究(GWAS)確定了控制兩個物種間競爭的基因座。在大腸桿菌中,與共培養菌株相比,顯著SNPs會影響最大生長率的變化,部分顯著SNPs也會影響了單培養菌株和共培養菌株最大生長率的變化。

    平臺使用&研究方法

    利用超算云平臺研究了大腸桿菌和金黃色葡萄球菌的表型可塑性,兩種微生物在單培和共培養條件下的相互作用。在面對環境變化時,物種間的相互作用不僅會引起物種豐度和分布的生態變化,還會影響組成物種的進化,這進而影響生態系統的功能。在超算云平臺的超級計算機幫助下,通過構建數理、工程及生命科學模型對兩種微生物單培、共配條件下的豐度進行分析。

    構建云上科研工作環境

    讓計算更簡單,讓生活更美好

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